25 октября 2003 года в новосибирском аэропорту «Толмачёво» был арестован Михаил Ходорковский, ему было предъявлено обвинение в хищениях и неуплате налогов. 31 октября 2003 генеральная прокуратура РФ арестовала акции ЮКОСа.
Спустя год наиболее прибыльный актив компании — её дочерняя нефтедобывающая компания «Юганскнефтегаз» — была в счёт уплаты налоговой задолженности продана на аукционе и путём нескольких сомнительных сделок оказалась в собственности государственной нефтяной компании «Роснефть».
Сам Ходорковский в мае 2005 был осуждён на 9 лет лишения свободы в колонии общего режима. Многие политические наблюдатели в России и за рубежом считают этот приговор и разгром нефтяной компании, принадлежавшей Ходорковскому, местью за то, что тот оказывал финансовую поддержку оппозиционным политическим партиям — КПРФ и «Яблоко». Ходорковский также был потенциальным кандидатом на пост президента.
Многочисленные российские и зарубежные политологи называют этот процесс политическим, показательным и заказным, а осуществлённый в ходе процесса разгром нефтяной компании ЮКОС — новым переделом собственности в России. На Западе решение суда вызвало бурную реакцию. Распространённое мнение западных СМИ и политиков состоит в том, что в России происходит возврат к советским методам руководства и традициям политической жизни.
Гарри Каспаров так комментировал преследование Ходорковского: «Его преступлением стало не то, что он не заплатил налоги. Как раз наоборот. Его преступлением стало то, что он регулярно платил налоги непосредственно в налогово-финансовое управление. Он хотел быть независимым и честным, что по неписаным законам путинского режима является преступлением».