В годы президентства Путина ряду российских учёных — Валентину Данилову, Игорю Сутягину, Оскару Кайбышеву и многим другим — были предъявлены обвинения в передаче секретных сведений иностранным государствам. По мнению академиков РАН, международных наблюдателей, правозащитников и юристов, следствие по данным делам велось с грубыми нарушениями, а сами дела были сфабрикованы ФСБ. Представленные прокуратурой доказательства вины подсудимых ставились под сомнение независимыми экспертами.
Однако президент и его подчиненные (в том числе министр юстиции Чайка) не отреагировали на просьбы о пересмотре уголовных дел осуждённых учёных, исходившие со стороны известных деятелей науки и правозащитников.
В свою очередь международными организациями Михаил Трепашкин и Игорь Сутягин были признаны политическими заключенными.